O arquivamento Implícito ocorre quando o Ministério Público não inclui na denúncia um indiciado, ou em se tratando de mais de um crime, não inclui todos eles. A exemplo da denúncia em face de dois acusados, porém a mesma é oferecida apenas em face de um deles; ou que a denúncia seja oferecida em face de dois indivíduos acusados de praticar dois crimes distintos, mas o Ministério Público, na denúncia, imputa-lhes a prática de somente um crime.
O arquivamento indireto ocorre quando o Ministério Público, antes de oferecer a denúncia, verifica que aquele juízo é incompetente, e requer que os autos sejam remetidos ao juízo competente para regular prosseguimento do feito. Em outras palavras, o arquivamento indireto surge quando o membro do Ministério Público se vê sem atribuição para oficiar em um determinado feito e o magistrado, por sua vez, se diz com competência para apreciar a matéria.