O Estatuto Social do SEBRAE define a estrutura básica do SEBRAE/GO, que é composta pelos seguintes órgãos:
- A Conselho Deliberativo Nacional – CDN/NA, Conselho Financeira e Diretoria Administrativa.
- B Conselho Deliberativo Internacional – CDI/IN, Conselho Orçamentário e Diretoria Financeira.
- C Conselho Deliberativo Estadual – CDE/GO, Conselho Fiscal e Diretoria Executiva.
- D Conselho Deliberativo Municipal – CDM/UF, Conselho Patrimonial e Diretoria Estratégica.