De acordo com o Art. 1° do Decreto nº 3.029, de 16 de abril de 1999, o que confere à Agência Nacional de Vigilância Sanitária a natureza de autarquia especial:
- A A vinculação direta a órgãos estaduais de saúde.
- B Sua subordinação ao Poder Legislativo.
- C A prerrogativa de ter um prazo de duração determinado.
- D A independência administrativa, estabilidade de seus dirigentes e autonomia financeira.
- E A submissão a órgãos municipais de controle.