As espécies da fauna ameaçadas de extinção no Estado de Santa Catarina estão classificadas em três critérios, como aponta o Conselho Estadual do Meio Ambiente (CONSEMA), por meio da Resolução CONSEMA n.0 002/2011, quais sejam: criticamente em perigo, em perigo e vulnerável. Entre elas, temos:
- A O peixe Epinephelus itajara, popularmente conhecido como mero verdadeiro, e a ave Ara chloropterus, popularmente conhecida como arara vermelha.
- B O mamífero Ctenomys minutus, popularmente conhecido como tuco-tuco, e a ave Jabiru mycteria, popularmente conhecida como tuiuiú.
- C A ave Ramphocelus bresilius, popularmente conhecida como tiê -sangue, e o mamífero Chrysocyon brachyurus, popularmente conhecido como lobo-guará.
- D A ave Aburria jacutinga, popularmente conhecida como jacutinga, e o mamífero Leopardus wiedii, popularmente conhecido como gato-maracajá.
- E O mamífero Alouatta caraya, popularmente conhecido como bugio, e a ave Eudocimus ruber, popularmente conhecida como guará.