A Lei n° 16.272//2008 que dispõe sobre a organização da administração direta, autárquica e fundacional do Poder Executivo do Estado de Goiás estabelece que, das entidades de administração indireta citadas, a que se jurisdiciona à Secretaria Geral da Governadoria é:
- A Agência Goiana de Comunicação.
- B Junta Comercial do Estado de Goiás.
- C Instituto de Assistência aos Servidores do Estado de Goiás.
- D Fundação de Amparo à Pesquisa.
- E Agência de Fomento de Goiás S.A.