A estrutura orgânica mínima do INEA, prevista na Lei Estadual n. 5.101/07, que dispõe sobre a sua criação e dá outras providências para maior eficiência na execução das políticas estaduais de meio ambiente, de recursos hídricos e florestais, conta, dentre outros, com os seguintes órgãos:
- A Procuradoria, Conselho Fiscal e Biblioteca.
- B Biblioteca, Controladoria e Conselho Fiscal.
- C Laboratório de Análises de Qualidade Ambiental, Conselho Fiscal e Procuradoria.
- D Procuradoria, Biblioteca e Laboratório de Análises de Qualidade Ambiental.
- E Controladoria, Procuradoria e Conselho Fiscal.