A partir da sua criação, a Ebserh passou a ser a responsável pela gestão de hospitais universitários federais, finalidade planejada e implementada mediante o Conselho de Administração, um dos seus principais órgãos administrativos.
Segundo o Estatuto Social da Ebserh, o Conselho de Administração é um órgão colegiado composto por nove membros, entre os quais,
- A um membro é o Presidente da empresa, que ocupa a Presidência Executiva do Conselho.
- B um membro é indicado pelo Ministro da Gestão e da Inovação em Serviços Públicos, sendo obrigatoriamente diretor de hospital universitário federal.
- C três membros são indicados pelo Ministro da Educação, dos quais um será o Presidente do Conselho e o outro o substituto nas suas ausências e impedimentos.
- D um membro é reitor de universidade federal, eleito pela Associação Nacional dos Docentes das Instituições Federais de Ensino Superior.
- E dois membros são representantes dos empregados, eleitos para participar das deliberações sobre assuntos que envolvam relações sindicais, remuneração e questões de previdência.