A estrutura básica do CIS-AMOSC consiste em:
- A Conselho Fiscal e Diretoria Geral.
- B Assembleia Geral e Conselho.
- C Assembleia Geral, Colegiado e Diretoria.
- D Assembleia Geral, Conselho Fiscal, Colegiado de Saúde e Diretoria Executiva.
- E Diretoria e Conselho Fiscal.