A atividade de auditoria interna faz parte do sistema de controles internos quando não executada por unidade da própria cooperativa de crédito e pode, entre outras opções normativas, ser efetuada:
- A pelo contador responsável pelas demonstrações contábeis da instituição.
- B pela firma de auditoria independente responsável pela auditoria das demonstrações contábeis da instituição.
- C pela auditoria da entidade de classe ou de órgão central a que a instituição é filiada.
- D pelo perito judicial indicado pelo juiz da comarca onde está sediada a instituição.