Conforme a Lei Complementar 79/1994, os recursos do Fundo Penitenciário Nacional têm finalidade determinada para aplicação em:
- A programas de assistência a pessoas em extrema pobreza
- B programas de proteção a pessoas em situação de testemunha
- C programas de atendimentos a pessoas dependentes químicas
- D programa de assistência aos dependentes de presos e internados