De acordo com o que estabelece o Regimento Interno da EBSERH - 3ª revisão, a respeito da estrutura organizacional da EBSERH, são órgãos de administração:
- A o Conselho de Administração, a Diretoria Executiva, o Conselho Consultivo e a Auditoria Interna.
- B o Conselho Consultivo e a Auditoria Interna.
- C o Conselho de Administração, a Diretoria Executiva, o Conselho Consultivo e a Comissão de Ética.
- D o Conselho de Administração, o Conselho Consultivo e a Comissão de Ética.
- E o Conselho de Administração, a Diretoria Executiva e o Conselho Consultivo.