Nos termos do Decreto Federal n° 8.088/13, compõe a Secretaria Nacional dos Portos da Presidência da Republica, como entidade autárquica vinculada, a
- A Agência Nacional de Águas - ANA.
- B Companhia Docas do Ceará - CDC.
- C Agência Nacional de Energia Elétrica - ANEEL.
- D Companhia Docas do Espírito Santo - CODESA.
- E Agência Nacional de Transportes Aquaviários - ANTAQ.