A Diretoria Colegiada da Agência Nacional de Águas:
- A por ser uma autarquia sob regime especial vinculada ao Ministério do Meio Ambiente, tem seus membros escolhidos e nomeados pelo Ministro de Estado do Meio Ambiente.
- B é composta por membros com mandatos, não coincidentes, de quatro anos.
- C é presidida por um de seus membros escolhido pelo Ministro de Estado do Meio Ambiente.
- D pode ter seus membros substituídos a qualquer tempo por decisão do Presidente da República.
- E permanece com vaga aberta até o final do mandato, caso haja reúncia de um de seus membros, de forma que os mandatos permaneçam não coincidentes.