A vacinação, ao lado das demais ações de vigilância epidemiológica, vem ao longo do tempo perdendo o caráter verticalizado e se incorporando ao conjunto de ações da atenção primária em saúde. São competências da esfera municipal, exceto:
- A A coordenação e a execução das ações de vacinação integrantes do PNI.
- B O descarte e a destinação final de frascos, seringas e agulhas utilizados, conforme as normas técnicas vigentes.
- C A gerência do estoque municipal de vacinas e outros insumos, incluindo o armazenamento e o transporte para seus locais de uso, de acordo com as normas vigentes.
- D A gestão do sistema de informação do PNI, incluindo a consolidação e a análise dos dados nacionais e a retroalimentação das informações à esfera estadual.