Na agricultura orgânica, os resíduos são reintegrados ao solo: esterco e restos de culturas são devolvidos ao solo para que sejam decompostos e transformados em nutrientes para as plantas e, ainda, para ativar a vida no solo; os microrganismos, além de transformar a matéria orgânica em alimento para as plantas, tornam a terra porosa, solta e permeável.
Atualmente, os horticultores orgânicos têm conseguido alta produtividade e ótima qualidade de frutos em cultivo de tomateiros destinados ao consumo in natura, mesmo sob condições de verões quentes e chuvosos.
Na agricultura orgânica, quando necessário, os produtores fazem calagem e utilizam alta quantidade de matéria orgânica, porém, não usam adubos solúveis em água, tais como sulfato de amônio, cloreto de potássio, superfosfato simples e termofosfato, que são largamente utilizados na agricultura convencional.
Em algumas espécies de fruteiras, como laranjeira e maracujazeiro, o cultivo orgânico pode levar o fruticultor a produzir poucos frutos, de baixa qualidade, em razão dos graves problemas fitossanitários que normalmente ocorrem nessas lavouras.
O controle do ácaro da leprose na cultura dos citros deve ser feito mediante determinação do nível de dano econômico. Dessa forma, os citricultores devem iniciar as pulverizações com acaricidas logo no aparecimento dos primeiros sintomas da leprose nos frutos.