De acordo com o regimento interno do CREMEPE, o órgão possui comissões de caráter permanente e especiais. Dentre as comissões permanentes fundamentais, ou obrigatórias, já dispostas no próprio regimento, figuram as seguintes, exceto
- A Comissão de Ouvidores.
- B Comissão de Licitações.
- C Comissão de Tomadas de Contas.
- D Comissão de Ética Profissional.