O centro da deglutição é uma organização complexa de elementos neurais no córtex e no tronco encefálico do sistema nervoso central e inclui regiões específicas do córtex e duas áreas primárias do tronco encefálico. Regiões corticais específicas podem se integrar ao tronco encefálico para ativar e controlar todas as fases da deglutição. O tronco encefálico e a medula espinhal cervical contêm núcleos sensoriais e motores envolvidos nas fases da deglutição. Os nervos cranianos envolvidos no processo de deglutição compreendem os pares:
- A V (trigêmeo), VII (facial), IX (glossofaríngeo), X (vago), XI (acessório) e XII (hipoglosso).
- B I (olfatório), IV (troclear), VII (facial) e XII (hipoglosso).
- C II (óptico), III (oculomotor), VI (abducente), VIII (vestibulococlear) e XI (acessório).
- D IV (troclear), V (Trigêmeo), VII (facial), IX (glossofaríngeo) e XII (hipoglosso).
- E III (oculomotor), V (trigêmeo), VII (facial), X (vago) e XII (hipoglosso).