Em sua estrutura, o SIAFI trata cada ano como um sistema diferente. Cada sistema, por sua vez, é organizado em subsistemas, que podem ser organizados em cinco grupos, quais sejam:
- A controle de haveres e obrigações, administração do sistema, execução orçamentária e financeira, organização de tabelas e recursos complementares com aplicação específica.
- B administração do sistema, administração contábil patrimonial, gestão contábil orçamentária, tabelas de apoio e gestão de almoxarifado e recursos patrimoniais.
- C execução orçamentária e financeira, controle de haveres e obrigações, execução patrimonial, controle físico de ativos imobilizados e gestão de recursos humanos.
- D gestão de recursos humanos, organização de tabelas, administração contábil patrimonial, gestão contábil orçamentária e recursos complementares com aplicação específica.
- E controle físico de ativos imobilizados, gestão de recursos humanos, administração do sistema, administração contábil patrimonial e gestão orçamentária.