Os Protostomia estão divididos em Spiralia e Ecdysozoa, como é consensual hoje. Entretanto, a edição anterior do livro (Brusca & Brusca 2007) utilizava uma outra hipótese filogenética para os protostômios, a Hipótese Articulata. Esta hipótese diferia da atual principalmente por:
- A Chaetognatha estar em Deuterostomia; Aschelminthes ser monofilético; Platyhelminthes e Mollusca serem grupos-irmãos.
- B Platyhelminthes serem protostômios basais; Lophophorata estar em Deuterostomia; Arthropoda e Annelida serem grupos-irmãos.
- C Acoelomorpha na base de Protostomia; Aschelminthes não monofilético; Annelida englobando Sipuncula e Echiura.
- D Nematoda na base de Protostomia; Lophophorata irmão de Arthropoda; Chetognatha irmão de Mollusca.
- E Platyhelminthes não monofilético; Entoprocta irmão de Ectoprocta; Brachiopoda na base de Protostomia.